Les départements scientifiques ont pour rôle l’organisation de l’activité de recherche et de formation des équipes de l’Institut : ils prennent en charge le suivi de l’activité des doctorants, ils stimulent les discussions et interactions entre équipes, ils organisent des séminaires et colloques thématiques. La direction de chaque département (directeur et 1 ou 2 co-directeur(s)) est assurée par des responsables d’équipes, cooptés par leurs collègues, qui siègent au Conseil de direction de l’Institut. Les Conseils de département, constitués des responsables des équipes et de représentants des doctorants, chercheurs et agents ITA, statutaires et non statutaires, sont un lieu d’échanges, de débats et de propositions d’ordre scientifique ou organisationnel à l’adresse de la direction de l’Institut. Depuis sa création, l’Institut Cochin a beaucoup investi dans le développement de plates-formes technologiques performantes et innovantes, au service de ses équipes, ainsi que de l’ensemble des équipes de l’Université et d’équipes extérieures, quelle que soit leur nature, publique ou privée. L’Institut Cochin dispose aujourd’hui de neuf plates-formes technologiques